最初のセクションの部分に「まるごとPHP」著者の一人である月宮さんがツッコミを入れられてますね。ちょっと辛口のコメントです。初心者向けに記述するのは難しいですね。私も気を付けないと… (私も「まるごとPHP」にセキュリティー関係でほんの少しだけ書いています)
月宮さんの日記のコメントにも書きましたが、PHPでは明示的にリソース(DB接続・ファイル)や変数を開放する必要がほとんどありません。Webプログラムでは明示的に開放しない方が良いくらいです。例えば、DBの永続的接続を使っていない場合、システム負荷を上げるだけで役立つ事はほとんどありません。永続的な接続を利用している場合、データベース接続を切断する関数を呼ぶと役立つ事は一切無く無駄なCPUリソースを消費するだけです。