久しぶりにPHP-users MLを見るとsession_regenerate_id関数が「古いセッションIDに関連したセッション情報を削除しないのは困るよね」と投稿がありました。
バグレポートではBogus（バグじゃない）というステータスになっていました。確かにsession_regenerate_id関数は新しいセッションIDを生成する為の関数として追加されました。新しいセッションIDを作れば仕様上は問題ない、と主張できるかもしれません。しかし、アプリケーションの作り方によってはセキュリティ上の問題を発生させる原因になるので変更するべきですね。
セッションモジュール、セーブハンドラモジュール、シリアライザモジュールの各グローバル変数がマクロでアクセスされる作りになっています。（セッションモジュールは更にサブモジュールと持つ構造になっています。随分前ですがWeb+DB Pressに書いた通りです。興味のある方はどうぞ。）さらに引数などもマクロで定義されているため、初めて読むプログラマには非常に分かりづらいソースになっています。
PHPセッションモジュールのソースを読んだ事がある方なら分かりますが、グローバル変数を使用している、今回の場合はPSマクロで利用するグローバル変数、のでセッションID、PS(id)、を保存しないとならないように思えます。
# 今思いつきましたが、PS(data)にempty_stringを入れて
# おけばOKなような気がします。
session_destory関数にはバグがあるようでセッション情報は空になりますが、ファイルをunlinkしたいようなコードになっているのですが…、unlinkされていません。XFSなど、ディレクトリエントリにB-Treeを使用しているファイルシステムでは大量のファイルがあっても性能上や使用上問題ありません。個人的には50万ファイル（50万セッション）までファイル作成してベンチマークしてみましたが、性能は全く変わりませんでした。
ext3を利用している場合、2の問題で困る可能性があります。一つはinodeの枯渇ともう一つパフォーマンスの低下です。デフォルトではinodeが枯渇する可能性は大きいと思います。DoSの原因にもなるので注意しましょう。Linuxの場合、ディレクトリエントリはキャッシュされているので多数のファイルがある場合でもかなり良い性能ですが、それでも何十万ファイルレベルになると遅くなります。
セッション管理は有効期限を0に設定したセッションクッキー（ブラウザの終了と同時に削除されるクッキー）を利用し、自動再ログインなどの仕組みはアプリケーションでセキュリティ上の問題が許容される取り扱い方法を独自に実装する方が良い、と考えています。
もし有効期限が長いセッションIDを利用してログイン状態を保ち、セッションIDの再生成でXSSのリスクを軽減されている場合はsession_destroyを使用してセッションの削除を忘れないようにしなければなりません。ご注意ください。