LinuxならXでもコンソールでも自由にレイアウト変更可能ですが、Windowsでもレジストリを変更すれば可能です。ノートPCが使いづらいのでCAPSキーをCTRLキーにするためにレジストリを変更しています。このレジストリの変更ではCAPSキーもCTRLになるようになっています。左下のCTRLはCTRLのままです。個人的にはCAPSキーの必要性がないので使えなくても大丈夫だからです。.reg拡張子を持つファイルとして保存してダブルクリックすれば変更完了です。
REGEDIT4
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
“Scancode Map”=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,03,00,00,00,1d,00,3a,00,3a,00,1d,00,\
00,00,00,00
自分のVAIO(Windows XP Professional)で使っていますが、レジストリの変更は危険を伴います。当然ですが無保証です。ご注意ください。