にFreeBSD7上でのPostgreSQLとMySQLのベンチマークが載っています。
PostgreSQL 8.2.4 – 11ページ
ピーク性能でおよそ5400transactions/secほど。
MySQL 5.0.45 – 15ページ
ピーク性能でおよそ3800transactions/secほど。
Kernelの主要な部分すべてがパラレルに動作するようになったため、かなり高速（数値にして数倍）になったようです。
グラフからもPostgreSQLの方がかなり良い性能であることが分かりますが、PDFファイル（16ページ）によると
On this benchmark PostgreSQL is 35% – 45% faster thanMySQL at all loads
とPostgreSQLの方が全般的に良い性能だったそうです。PostgreSQL 8.3は確実に8.2よりもさらに良い性能を期待できると思います。MySQLも5.1や6.0を利用した方が良い性能が期待できるのかも知れません。
このPDFのベンチマークはデータベースの性能を計る為のベンチマークではなく、OSの性能を計る為のベンチマークです。データベースサーバ設定、SQL文やテーブル構成などが不明なのでデータベースの性能のベンチマークとしては参考値くらいでしかありません。MySQLのテストではMyISAMを使っていると思われますが、MyISAMならこれくらいの性能差は普通です。
