日本人には必要なオプションがmysqldのオプションに追加されたようです。4.1.15、5.0.15以降なら使えるそうです。
A new command line argument was added to mysqld to ignore client character set information sent during handshake, and use server side settings instead, to reproduce 4.0 behaviour (Bug #9948):
mysqld –skip-character-set-client-handshake
ちょっと乱暴ですがPostgreSQLなら「initdbのオプションに–no-localeを付ける」にあたいするくらい重要かも知れません。