Hardedned PHPプロジェクトのStefan EsserさんがPHP SESSIONをより安全に運用するパッチを公開しています。
このパッチはPHPのセッション管理の問題に対応します。PHPのSESSIONモジュールがSession Fixation（セッションIDの固定化）に対して脆弱であることは随分前から広く（？）知られていました。このパッチを適用すればSession Fixation問題も随分改善します。
例えば、PHP SESSIONを利用しているサイトで
http://example.jp/index.php
と言うURLがクッキーを利用したセッション管理行っているとします。セッションデータが初期化されサーバに保存されているか、されていないかに関わらず、ブラウザが送信したクッキーによって指定されたセッションIDがそのまま使われます。このパッチはセッションIDのデータが無ければ、セッションIDを再生成してセッションを開始するよう動作が変わります。（通常のPHPのセッション管理はpermissiveなセッション管理と呼ばれています。パッチ適用後はstrictなセッション管理も選択できるようになります。）クッキーだけを使ったセッション管理では、セッションIDが固定化する問題はあまり深刻な問題ではありませんが、好ましい動作とは言いがたいです。
session.use_only_cookiesがoffの場合、問題は深刻です。
http://example.jp/index.php?PHPSESSID=123456
とすると、セッションデータが無い場合、セッションIDが123456になってしまいます。session.use_cookies=on設定（デフォルト値）でクッキーを利用するセッション管理でも、PHPSESSID=123456をクッキーに設定されます。つまり、デフォルトの状態のPHPのセッション管理はsession.use_only_cookiesがoffである為、普通にSession Fixationに脆弱になってしまいます。一応、サイト外のURLに埋め込まれたセッションIDを受け付けないようにするsession.referer_check設定もあるのですが、REFERERを使っているので十分な対策とはいえません。許可するドメインなどを記載する設定項目なので、当然ですが、デフォルトでは何も設定されていません。何も設定されていない時はREFERERチェックは行われません。
追記：色々書いていますが、要するにデフォルト設定のPHPだとSession Fixationに脆弱である、と言うことです。
より厳格なセッションID管理を行うには、パッチを適用後、
session.use_strict_mode = on
と設定するだけです。
このパッチを適用するとユーザ定義セッションセーブハンドラで以下の2つの関数が利用（定義）できるようになります。
string create_sid()
bool validate_sid($key)
create_sid関数は新しいセッションIDを作成します。
validate_sid関数は$keyが正しいかチェックします。
ところで、デフォルトではsession.use_only_cookiesはoffに設定されています。しかし、普通のサイトはsession.use_only_cookiesはONで運用するべきです。もし、offで運用されている場合、強くONに変更して運用することをお勧めします。先ほども書きましたが、session.use_only_cookies=onであればSession Fixation問題はそれほど重大な問題とは言えません。パッチを適用していない場合でもsession.use_only_cookies=onであればそれほど心配する必要はありません。
# 随分古いInternet ExplorerではXMLHttpRequestで他のサイトにリクエスト
# を送信できたりしました。しかし、今は出来ないのでクッキーを利用した
# セッション管理に対して効果的なSession Fixation攻撃は出来ないと思い
# ます。